Patriarh Kirilli otsene alluv, Moskva Patriarhaadi Eesti Õigeusu kiriku metropoliit Jevgeni ei ole samuti sõnagagi ukrainlaste genotsiidi hukka mõistnud. Vähe sellest, Moskva kiriku survel jättis ka Eesti Kirikute Nõukogu eesotsas EELK peapiiskop Urmas Viilmaga sõja otsesõnu taunimata. 2018. aastal määras metropoliit Jevgeni Eestisse teenima just Moskva Patriarhaat. Varasemalt töötas Jevgeni Moskva Vaimuliku Akadeemia rektori ja teenis Vereja ülempiiskopina.
Õigeusk on Eesti peamine religioon – ligikaudu 180 000 inimest peab ennast õigeusklikuks ja tasapisi nende hulk aina kasvab. Eesti Apostlik-Õigeusu kirikusse kuulub umbes 30 000 inimest ja ülejäänud on Moskva Patriarhaadi Õigeusu kiriku liikmed.
Eestis allub otse Moskva Patriarhaadi Õigeusu kirikule, st Kremlile ja patriarh Kirillile kaks kogudust: Tallinna Aleksander Nevski Stavropigiaalne Kogudus ja Pühtitsa Jumalaema Uinumise Stavropigiaalne Naisklooster Kuremäel. 1998. aastal, mil siseminister oli kadunud Robert Lepikson, registreeriti need kaks kogudust Eestis.
1900. aastal pühitsetud Nevski katedraali kui Vene tsaaririigi imperialismi ja šovinismi sümbolit, Eesti venestamise maamärki üritati 1918. aastal iseseisvunud Eestis korduvalt ümber ehitada või lammutada. 1920-ndatel aastatel oli päevakorras Vabaduskiriku mõte. Oma projekti esitas ka arhitekt Karl Burman vanem. Vabaduse mälestussambaks sobis Burmani arvates hoopis iseseisvuse panteon, mis peaks asuma „meie iseseisva riigielu keskkohas”.
Arhitekti ettepaneku järgi pidanuks see mälestuspanteon üle kogu Tallinna kõrguma – Tallinna valitseb aga Aleksander Nevski katedraal, mis kuidagi sinna ei sobi. Burman pakkuski välja idee ehitada õigeusu katedraal ümber „vabaduse ja iseseisvuse mälestussambaks”.
Samas soovitas ta kaaluda, kas Nevski katedraal lammutada või ümber ehitada.„Toompää lossiesine plats peaks omandama eesti foorumi ilme ja vene kirik tuleks ehitada ümber iseseisvuse Panteoniks,” kirjutas Burman 1928. aastal. Katedraali kohta oli tal kindel arvamus: „See idamaine kirju ja kriiskav kogu eraldub ymbrusest ja ongi pystitet ju venestuspoliitika symbolina.”
Ülejäänud Vene õigeusu kogudused alluvad Moskva Patriarhaadi Eesti Õigeusu kirikule, mis allub organisatsioonina Moskvale. Praegusel ajal ühendab Moskva Patriarhaadi Eesti Õigeusu kirik 38 kogudust. Kremli kiriku vaimulikkond Eestis koosneb 69 vaimulikust: metropoliit, piiskop ja abipiiskop, 52 preestrit ja 14 diakonit.
Eestis esmakordselt 2002. aastal registreeritud – tollal oli peaminister Siim Kallas ja siseminister Ain Seppik – Moskva Patriarhaat asutas 2012. aastal Tallinnasse ka Püha Johannese kooli, millel valmis tänavu augustis Nõmmel, Kaitseliidu Tallinna maleva Plangu baasi lähistel uus koolimaja-kirik. Tallinna linn eesotsas linnapea Mihhail Kõlvartiga kinnitas Vene eriteenistuste jaoks soodsa otsuse (krunt, detailplaneering, ehitus- ja kasutusluba vms).
Kui kasutada sõjaväelisi termineid, siis õnnestus Vene eriteenistustel „kool-kiriku” rajamisega seada sisse (info)vägede eelpaigutus Eesti ühe kõige olulisema baasi aia taha.
Kool nimetab oma dokumentides kodukirikuks Moskva Patriarhaadi Eesti Õigeusu kiriku Ristija Johannese kogudust Nõmmel. Selle ülempreester on Toomas Hirvoja. Hirvoja allub siinsele metropoliit Jevgenile ja Jevgeni otse patriarh Kirillile, st Kremlile. Ülempreester Hirvoja on kooli loomisest alates viinud õppeasutuses läbi kõiki ikoonilisi teenistusi. Olulisematel käib isiklikult kohal ka metropoliit Jevgeni.
Kooli arengukava ütleb, et „Kooli pedagoogiline kontseptsioon ammutab ainest ning inspiratsiooni idakiriku inimesekäsitlusest ja vastustest edasikestmisega seotud küsimustele: kes on inimene, mis on elu mõte ja kuidas elada õigesti jne.
Arvestades Moskva Patriarhaadi seisukohti Ukraina sõja asjus, siis vastus küsimusele, kuidas õigesti elada, on Eesti riikluse vaatenurgast leebelt öeldes hirmutav.
Moskva Patriarhaadi mõju kasvatamiseks on Kreml elavdanud kiriku tegevust oma naaberriikides. Moskva Patriarhaadi Eesti Õigeusu kirik korraldas mõne aasta eest ajalookonverentsi, mille eesmärk oli näidata Eestit vene õigeusu iidse territooriumina. Seejuures on Kremli narratiivist erinev II maailmasõja käsitlus siinse õigeusu kiriku hinnangul ajaloo kuritegelik ümberkirjutamine.